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8個流行的Python可視化工具包,你喜歡哪個?
2020-04-28
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8個流行的<a href='/map/pythonkeshihua/' style='color:#000;font-size:inherit;'>Python可視化</a>工具包,你更鐘意哪一個?


用 Python 創(chuàng)建圖形的方法有很多,但是哪種方法是最好的呢?當我們做可視化之前,要先明確一些關(guān)于圖像目標的問題:你是想初步了解數(shù)據(jù)的分布情況?想展示時給人們留下深刻印象?也許你想給某人展示一個內(nèi)在的形象,一個中庸的形象?


本文將介紹一些常用的 Python 可視化包,包括這些包的優(yōu)缺點以及分別適用于什么樣的場景。這篇文章只擴展到 2D 圖,為下一次講 3D 圖和商業(yè)報表(dashboard)留了一些空間,不過這次要講的包中,許多都可以很好地支持 3D 圖和商業(yè)報表。


Matplotlib、Seaborn 和 Pandas


把這三個包放在一起有幾個原因:首先 Seaborn 和 Pandas 是建立在 Matplotlib 之上的,當你在用 Seaborn 或 Pandas 中的 df.plot() 時,用的其實是別人用 Matplotlib 寫的代碼。因此,這些圖在美化方面是相似的,自定義圖時用的語法也都非常相似。


當提到這些可視化工具時,我想到三個詞:探索(Exploratory)、數(shù)據(jù)(Data)、分析(Analysis)。這些包都很適合第一次探索數(shù)據(jù),但要做演示時用這些包就不夠了。


Matplotlib 是比較低級的庫,但它所支持的自定義程度令人難以置信(所以不要簡單地將其排除在演示所用的包之外?。?,但還有其它更適合做展示的工具。


Matplotlib 還可以選擇樣式(style selection),它模擬了像 ggplot2 和 xkcd 等很流行的美化工具。下面是我用 Matplotlib 及相關(guān)工具所做的示例圖:


在處理籃球隊薪資數(shù)據(jù)時,我想找出薪資中位數(shù)最高的團隊。為了展示結(jié)果,我將每個球隊的工資用顏色標成條形圖,來說明球員加入哪一支球隊才能獲得更好的待遇。


import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
color_order = ['xkcd:cerulean', 'xkcd:ocean',
 'xkcd:black','xkcd:royal purple',
 'xkcd:royal purple', 'xkcd:navy blue',
 'xkcd:powder blue', 'xkcd:light maroon', 
 'xkcd:lightish blue','xkcd:navy']
sns.barplot(x=top10.Team,
 y=top10.Salary,
 palette=color_order).set_title('Teams with Highest Median Salary')
plt.ticklabel_format(style='sci', axis='y', scilimits=(0,0))

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第二個圖是回歸實驗殘差的 Q-Q 圖。這張圖的主要目的是展示如何用盡量少的線條做出一張有用的圖,當然也許它可能不那么美觀。


import matplotlib.pyplot as plt
import scipy.stats as stats
#model2 is a regression model
log_resid = model2.predict(X_test)-y_test
stats.probplot(log_resid, dist="norm", plot=plt)
plt.title("Normal Q-Q plot")
plt.show()

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最終證明,Matplotlib 及其相關(guān)工具的效率很高,但就演示而言它們并不是最好的工具。


ggplot(2)


你可能會問,「Aaron,ggplot 是 R 中最常用的可視化包,但你不是要寫 Python 的包嗎?」。人們已經(jīng)在 Python 中實現(xiàn)了 ggplot2,復制了這個包從美化到語法的一切內(nèi)容。


在我看過的所有材料中,它的一切都和 ggplot2 很像,但這個包的好處是它依賴于 Pandas Python 包。不過 Pandas Python 包最近棄用了一些方法,導致 Python 版本不兼容。


如果你想在 R 中用真正的 ggplot(除了依賴關(guān)系外,它們的外觀、感覺以及語法都是一樣的),我在另外一篇文章中對此進行過討論。


也就是說,如果你一定要在 Python 中用 ggplot,那你就必須要安裝 0.19.2 版的 Pandas,但我建議你最好不要為了使用較低級的繪圖包而降低 Pandas 的版本。


ggplot2(我覺得也包括 Python 的 ggplot)舉足輕重的原因是它們用「圖形語法」來構(gòu)建圖片?;厩疤崾悄憧梢詫嵗瘓D,然后分別添加不同的特征;也就是說,你可以分別對標題、坐標軸、數(shù)據(jù)點以及趨勢線等進行美化。


下面是 ggplot 代碼的簡單示例。我們先用 ggplot 實例化圖,設置美化屬性和數(shù)據(jù),然后添加點、主題以及坐標軸和標題標簽。


#All Salaries
ggplot(data=df, aes(x=season_start, y=salary, colour=team)) +
 geom_point() +
 theme(legend.position="none") +
 labs(title = 'Salary Over Time', x='Year', y='Salary ($)')

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Bokeh


Bokeh 很美。從概念上講,Bokeh 類似于 ggplot,它們都是用圖形語法來構(gòu)建圖片,但 Bokeh 具備可以做出專業(yè)圖形和商業(yè)報表且便于使用的界面。為了說明這一點,我根據(jù) 538 Masculinity Survey 數(shù)據(jù)集寫了制作直方圖的代碼:


import pandas as pd
from bokeh.plotting import figure
from bokeh.io import show
# is_masc is a one-hot encoded dataframe of responses to the question:
# "Do you identify as masculine?"
#Dataframe Prep
counts = is_masc.sum()
resps = is_masc.columns
#Bokeh
p2 = figure(title='Do You View Yourself As Masculine?',
 x_axis_label='Response',
 y_axis_label='Count',
 x_range=list(resps))
p2.vbar(x=resps, top=counts, width=0.6, fill_color='red', line_color='black')
show(p2)
#Pandas
counts.plot(kind='bar')

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用 Bokeh 表示調(diào)查結(jié)果


紅色的條形圖表示 538 個人關(guān)于「你認為自己有男子漢氣概嗎?」這一問題的答案。9~14 行的 Bokeh 代碼構(gòu)建了優(yōu)雅且專業(yè)的響應計數(shù)直方圖——字體大小、y 軸刻度和格式等都很合理。


我寫的代碼大部分都用于標記坐標軸和標題,以及為條形圖添加顏色和邊框。在制作美觀且表現(xiàn)力強的圖片時,我更傾向于使用 Bokeh——它已經(jīng)幫我們完成了大量美化工作。


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用 Pandas 表示相同的數(shù)據(jù)


藍色的圖是上面的第 17 行代碼。這兩個直方圖的值是一樣的,但目的不同。在探索性設置中,用 Pandas 寫一行代碼查看數(shù)據(jù)很方便,但 Bokeh 的美化功能非常強大。


Bokeh 提供的所有便利都要在 matplotlib 中自定義,包括 x 軸標簽的角度、背景線、y 軸刻度以及字體(大小、斜體、粗體)等。下圖展示了一些隨機趨勢,其自定義程度更高:使用了圖例和不同的顏色和線條。


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Bokeh 還是制作交互式商業(yè)報表的絕佳工具。


Plotly


Plotly 非常強大,但用它設置和創(chuàng)建圖形都要花費大量時間,而且都不直觀。在用 Plotly 忙活了大半個上午后,我?guī)缀跏裁炊紱]做出來,干脆直接去吃飯了。我只創(chuàng)建了不帶坐標標簽的條形圖,以及無法刪掉線條的「散點圖」。Ploty 入門時有一些要注意的點:


  • 安裝時要有 API 秘鑰,還要注冊,不是只用 pip 安裝就可以;Plotly 所繪制的數(shù)據(jù)和布局對象是獨一無二的,但并不直觀;圖片布局對我來說沒有用(40 行代碼毫無意義?。?/span>


但它也有優(yōu)點,而且設置中的所有缺點都有相應的解決方法:


  • 你可以在 Plotly 網(wǎng)站和 Python 環(huán)境中編輯圖片;支持交互式圖片和商業(yè)報表;Plotly 與 Mapbox 合作,可以自定義地圖;很有潛力繪制優(yōu)秀圖形。


以下是我針對這個包編寫的代碼:


#plot 1 - barplot
# **note** - the layout lines do nothing and trip no errors
data = [go.Bar(x=team_ave_df.team,
 y=team_ave_df.turnovers_per_mp)]
layout = go.Layout(
 title=go.layout.Title(
 text='Turnovers per Minute by Team',
 xref='paper',
 x=0
 ),
 xaxis=go.layout.XAxis(
 title = go.layout.xaxis.Title(
 text='Team',
 font=dict(
 family='Courier New, monospace',
 size=18,
 color='#7f7f7f'
 )
 )
 ),
 yaxis=go.layout.YAxis(
 title = go.layout.yaxis.Title(
 text='Average Turnovers/Minute',
 font=dict(
 family='Courier New, monospace',
 size=18,
 color='#7f7f7f'
 )
 )
 ),
 autosize=True,
 hovermode='closest')
py.iplot(figure_or_data=data, layout=layout, filename='jupyter-plot', sharing='public', fileopt='overwrite')
#plot 2 - attempt at a scatterplot
data = [go.Scatter(x=player_year.minutes_played,
 y=player_year.salary,
 marker=go.scatter.Marker(color='red',
 size=3))]
layout = go.Layout(title="test",
 xaxis=dict(title='why'),
 yaxis=dict(title='plotly'))
py.iplot(figure_or_data=data, layout=layout, filename='jupyter-plot2', sharing='public')
[Image: image.png]
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表示不同 NBA 球隊每分鐘平均失誤數(shù)的條形圖。


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表示薪水和在 NBA 的打球時間之間關(guān)系的散點圖



總體來說,開箱即用的美化工具看起來很好,但我多次嘗試逐字復制文檔和修改坐標軸標簽時卻失敗了。但下面的圖展示了 Plotly 的潛力,以及我為什么要在它身上花好幾個小時:



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Plotly 頁面上的一些示例圖



Pygal


Pygal 的名氣就不那么大了,和其它常用的繪圖包一樣,它也是用圖形框架語法來構(gòu)建圖像的。由于繪圖目標比較簡單,因此這是一個相對簡單的繪圖包。使用 Pygal 非常簡單:


  • 實例化圖片;用圖片目標屬性格式化;用 figure.add() 將數(shù)據(jù)添加到圖片中。


我在使用 Pygal 的過程中遇到的主要問題在于圖片渲染。必須要用 render_to_file 選項,然后在 web 瀏覽器中打開文件,才能看見我剛剛構(gòu)建的東西。


最終看來這是值得的,因為圖片是交互式的,有令人滿意而且便于自定義的美化功能??偠灾?,這個包看起來不錯,但在文件的創(chuàng)建和渲染部分比較麻煩。


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Networkx


雖然 Networkx 是基于 matplotlib 的,但它仍是圖形分析和可視化的絕佳解決方案。圖形和網(wǎng)絡不是我的專業(yè)領(lǐng)域,但 Networkx 可以快速簡便地用圖形表示網(wǎng)絡之間的連接。以下是我針對一個簡單圖形構(gòu)建的不同的表示,以及一些從斯坦福 SNAP 下載的代碼(關(guān)于繪制小型 Facebook 網(wǎng)絡)。


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我按編號(1~10)用顏色編碼了每個節(jié)點,代碼如下:


options = {
 'node_color' : range(len(G)),
 'node_size' : 300,
 'width' : 1,
 'with_labels' : False,
 'cmap' : plt.cm.coolwarm
}
nx.draw(G, **options)
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用于可視化上面提到的稀疏 Facebook 圖形的代碼如下:


import itertools
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
f = open('data/facebook/1684.circles', 'r')
circles = [line.split() for line in f]
f.close()
network = []
for circ in circles:
 cleaned = [int(val) for val in circ[1:]]
 network.append(cleaned)
G = nx.Graph()
for v in network:
 G.add_nodes_from(v)
edges = [itertools.combinations(net,2) for net in network]
for edge_group in edges:
 G.add_edges_from(edge_group)
options = {
 'node_color' : 'lime',
 'node_size' : 3,
 'width' : 1,
 'with_labels' : False,
}
nx.draw(G, **options)

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這個圖形非常稀疏,Networkx 通過最大化每個集群的間隔展現(xiàn)了這種稀疏化。


有很多數(shù)據(jù)可視化的包,但沒法說哪個是最好的。希望閱讀本文后,你可以了解到在不同的情境下,該如何使用不同的美化工具和代碼。

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') } function initGt() { var handler = function (captchaObj) { captchaObj.appendTo('#captcha'); captchaObj.onReady(function () { $("#wait").hide(); }).onSuccess(function(){ $('.getcheckcode').removeClass('dis'); $('.getcheckcode').trigger('click'); }); window.captchaObj = captchaObj; }; $('#captcha').show(); $.ajax({ url: "/login/gtstart?t=" + (new Date()).getTime(), // 加隨機數(shù)防止緩存 type: "get", dataType: "json", success: function (data) { $('#text').hide(); $('#wait').show(); // 調(diào)用 initGeetest 進行初始化 // 參數(shù)1:配置參數(shù) // 參數(shù)2:回調(diào),回調(diào)的第一個參數(shù)驗證碼對象,之后可以使用它調(diào)用相應的接口 initGeetest({ // 以下 4 個配置參數(shù)為必須,不能缺少 gt: data.gt, challenge: data.challenge, offline: !data.success, // 表示用戶后臺檢測極驗服務器是否宕機 new_captcha: data.new_captcha, // 用于宕機時表示是新驗證碼的宕機 product: "float", // 產(chǎn)品形式,包括:float,popup width: "280px", https: true // 更多配置參數(shù)說明請參見:http://docs.geetest.com/install/client/web-front/ }, handler); } }); } function codeCutdown() { if(_wait == 0){ //倒計時完成 $(".getcheckcode").removeClass('dis').html("重新獲取"); }else{ $(".getcheckcode").addClass('dis').html("重新獲取("+_wait+"s)"); _wait--; setTimeout(function () { codeCutdown(); },1000); } } function inputValidate(ele,telInput) { var oInput = ele; var inputVal = oInput.val(); var oType = ele.attr('data-type'); var oEtag = $('#etag').val(); var oErr = oInput.closest('.form_box').next('.err_txt'); var empTxt = '請輸入'+oInput.attr('placeholder')+'!'; var errTxt = '請輸入正確的'+oInput.attr('placeholder')+'!'; var pattern; if(inputVal==""){ if(!telInput){ errFun(oErr,empTxt); } return false; }else { switch (oType){ case 'login_mobile': pattern = /^1[3456789]\d{9}$/; if(inputVal.length==11) { $.ajax({ url: '/login/checkmobile', type: "post", dataType: "json", data: { mobile: inputVal, etag: oEtag, page_ur: window.location.href, page_referer: document.referrer }, success: function (data) { } }); } break; case 'login_yzm': pattern = /^\d{6}$/; break; } if(oType=='login_mobile'){ } if(!!validateFun(pattern,inputVal)){ errFun(oErr,'') if(telInput){ $('.getcheckcode').removeClass('dis'); } }else { if(!telInput) { errFun(oErr, errTxt); }else { $('.getcheckcode').addClass('dis'); } return false; } } return true; } function errFun(obj,msg) { obj.html(msg); if(msg==''){ $('.login_submit').removeClass('dis'); }else { $('.login_submit').addClass('dis'); } } function validateFun(pat,val) { return pat.test(val); }