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首頁精彩閱讀用什么畫SNP標記染色體分布密度圖？
用什么畫SNP標記染色體分布密度圖？
2020-04-22
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想畫SNP標記在不同的染色體的分布密度，但是不知道用什么軟件畫出來的？說不定在論壇發(fā)個貼就能解決你的困擾哦~


這不，有網(wǎng)友發(fā)個貼提問，就有碼農(nóng)分享自己的代碼了。小編把代碼也貼出來給大家瞄瞄……


用什么畫SNP標記染色體分布<a href='/map/midongtu/' style='color:#000;font-size:inherit;'>密度圖</a>？


所用軟件：Matlab（可自行上網(wǎng)下載安裝）


畫圖思路：將有SNP標記畫為藍色火柴桿圖，沒有SNP標記的用白色火柴桿圖覆蓋。


數(shù)據(jù)準備：sheet1為各染色體SNP標記的位置，sheet2為SNP標記對應(yīng)的藍色火柴桿圖的線高，sheet3為SNP標記對應(yīng)的白色火柴桿圖的線高。


用什么畫SNP標記染色體分布<a href='/map/midongtu/' style='color:#000;font-size:inherit;'>密度圖</a>？


代碼如下：


-----------------代碼開始了-----------------


[n,b]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',1);

[n2,b2]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',2);

[n3,b3]=xlsread('bar18k MAF.xlsx',3);

figure;

hold;


for i=1:1:12;

h=stem(n(:,i),n2(:,i),'lineWidth',0.1);

hc=get(h,'children');

set(hc(2),'visible','off');

plot(n(:,i),n2(:,i),'b','lineWidth',0.1);

h=stem(n(:,i),n3(:,i),'w','lineWidth',0.1);


hc=get(h,'children');

set(hc(2),'visible','off')

plot(n(:,i),n3(:,i),'b','lineWidth',0.1);

end


plot([0,45000000],[0.5,0.5],'k');

set(gca,'TickDir','out');

set(gca,'Xlim',[0,45000000]);

set(gca,'XTick', (5000000:5000000:45000000));

set(gca,'XTickLabel',b2(1:9));

set(gca,'ylim',[0.5,12.25]);

set(gca,'yTick', (1:12));

set(gca,'yTickLabel',b);

set(gca,'xcolor',[0,0,0]);

set(gca,'ycolor',[0,0,0]);

set(gca,'FontName','Times New Roman','FontSize',14);

clear all;


-----------------代碼結(jié)束了-----------------


畫出來的結(jié)果圖：


用什么畫SNP標記染色體分布<a href='/map/midongtu/' style='color:#000;font-size:inherit;'>密度圖</a>？


如果你有R語言的代碼，也非常歡迎公開貼出來

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') } function initGt() { var handler = function (captchaObj) { captchaObj.appendTo('#captcha'); captchaObj.onReady(function () { $("#wait").hide(); }).onSuccess(function(){ $('.getcheckcode').removeClass('dis'); $('.getcheckcode').trigger('click'); }); window.captchaObj = captchaObj; }; $('#captcha').show(); $.ajax({ url: "/login/gtstart?t=" + (new Date()).getTime(), // 加隨機數(shù)防止緩存 type: "get", dataType: "json", success: function (data) { $('#text').hide(); $('#wait').show(); // 調(diào)用 initGeetest 進行初始化 // 參數(shù)1：配置參數(shù) // 參數(shù)2：回調(diào)，回調(diào)的第一個參數(shù)驗證碼對象，之后可以使用它調(diào)用相應(yīng)的接口 initGeetest({ // 以下 4 個配置參數(shù)為必須，不能缺少 gt: data.gt, challenge: data.challenge, offline: !data.success, // 表示用戶后臺檢測極驗服務(wù)器是否宕機 new_captcha: data.new_captcha, // 用于宕機時表示是新驗證碼的宕機 product: "float", // 產(chǎn)品形式，包括：float，popup width: "280px", https: true // 更多配置參數(shù)說明請參見：http://docs.geetest.com/install/client/web-front/ }, handler); } }); } function codeCutdown() { if(_wait == 0){ //倒計時完成 $(".getcheckcode").removeClass('dis').html("重新獲取"); }else{ $(".getcheckcode").addClass('dis').html("重新獲取("+_wait+"s)"); _wait--; setTimeout(function () { codeCutdown(); },1000); } } function inputValidate(ele,telInput) { var oInput = ele; var inputVal = oInput.val(); var oType = ele.attr('data-type'); var oEtag = $('#etag').val(); var oErr = oInput.closest('.form_box').next('.err_txt'); var empTxt = '請輸入'+oInput.attr('placeholder')+'！'; var errTxt = '請輸入正確的'+oInput.attr('placeholder')+'！'; var pattern; if(inputVal==""){ if(!telInput){ errFun(oErr,empTxt); } return false; }else { switch (oType){ case 'login_mobile': pattern = /^1[3456789]\d{9}$/; if(inputVal.length==11) { $.ajax({ url: '/login/checkmobile', type: "post", dataType: "json", data: { mobile: inputVal, etag: oEtag, page_ur: window.location.href, page_referer: document.referrer }, success: function (data) { } }); } break; case 'login_yzm': pattern = /^\d{6}$/; break; } if(oType=='login_mobile'){ } if(!!validateFun(pattern,inputVal)){ errFun(oErr,'') if(telInput){ $('.getcheckcode').removeClass('dis'); } }else { if(!telInput) { errFun(oErr, errTxt); }else { $('.getcheckcode').addClass('dis'); } return false; } } return true; } function errFun(obj,msg) { obj.html(msg); if(msg==''){ $('.login_submit').removeClass('dis'); }else { $('.login_submit').addClass('dis'); } } function validateFun(pat,val) { return pat.test(val); }