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R二項(xiàng)分布檢驗(yàn)與FDR校正
2018-03-12
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R二項(xiàng)分布檢驗(yàn)與FDR校正

R語(yǔ)言二項(xiàng)分布檢驗(yàn)與FDR校正

二項(xiàng)分布是重復(fù)n次的實(shí)驗(yàn)，且每次實(shí)驗(yàn)都是獨(dú)立的，只有兩種結(jié)果，并且相互對(duì)立的，生活中最常見(jiàn)的是投硬幣~~~在生物領(lǐng)域內(nèi)也有很多符合此類分布的，如二倍體動(dòng)物等位基因，來(lái)源于父本和母本的重組等。具體公式什么的就不寫(xiě)了，寫(xiě)個(gè)關(guān)于ASE的例子吧。

[plain] view plain copy
    # cat binom.r | R --slave --args <file>  
    args <- commandArgs()  
    fa <- read.table(args[4], header=FALSE, sep="\t")  
    n1 = fa$V8  
    n2 = fa$V12  
    len = length(n1)  
    pv = numeric(len)  
    for(i in 1:len){  
    pv[i] = 0  
    if(n1[i] > n2[i]) pv[i]=binom.test(n1[i], n1[i]+n2[i], p=1/2, alternative="greater")$p.value else pv[i]=binom.test(n2[i], n1[i]+n2[i], p=1/2, alternative="greater")$p.value  
    }  
    qv <- p.adjust(pv, method="fdr")#fdr校正  
    fa$pv = formatC(pv, digits=4)  
    fa$fdr = formatC(qv, digits=4)  
    write.table(fa, file=paste(args[4],".out",sep=""), sep="\t", col.names=FALSE, row.names=FALSE, quote=FALSE)  

其實(shí)也不算是什么例子，就是把過(guò)程寫(xiě)下來(lái)熟悉一下寫(xiě)法而已。

通過(guò)控制FDR(False Discovery Rate)來(lái)決定P值的域值。假設(shè)你挑選了R個(gè)差異表達(dá)的基因，其中有S個(gè)是真正有差異表達(dá)的，另外有V個(gè)其實(shí)是沒(méi)有差異表達(dá)的，是假陽(yáng)性的。實(shí)踐中希望錯(cuò)誤比例Q＝V/R平均而言不能超過(guò)某個(gè)預(yù)先設(shè)定的值（比如0.05），在統(tǒng)計(jì)學(xué)上，這也就等價(jià)于控制FDR不能超過(guò)5％。對(duì)所有候選基因的p值進(jìn)行從小到大排序，則若想控制fdr不能超過(guò)q，則只需找到最大的正整數(shù)i，使得 p(i)<= (i*q)/m。然后，挑選對(duì)應(yīng)p(1)，p(2)，……，p(i)的基因做為差異表達(dá)基因，這樣就能從統(tǒng)計(jì)學(xué)上保證fdr不超過(guò)q。

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') } function initGt() { var handler = function (captchaObj) { captchaObj.appendTo('#captcha'); captchaObj.onReady(function () { $("#wait").hide(); }).onSuccess(function(){ $('.getcheckcode').removeClass('dis'); $('.getcheckcode').trigger('click'); }); window.captchaObj = captchaObj; }; $('#captcha').show(); $.ajax({ url: "/login/gtstart?t=" + (new Date()).getTime(), // 加隨機(jī)數(shù)防止緩存 type: "get", dataType: "json", success: function (data) { $('#text').hide(); $('#wait').show(); // 調(diào)用 initGeetest 進(jìn)行初始化 // 參數(shù)1：配置參數(shù) // 參數(shù)2：回調(diào)，回調(diào)的第一個(gè)參數(shù)驗(yàn)證碼對(duì)象，之后可以使用它調(diào)用相應(yīng)的接口 initGeetest({ // 以下 4 個(gè)配置參數(shù)為必須，不能缺少 gt: data.gt, challenge: data.challenge, offline: !data.success, // 表示用戶后臺(tái)檢測(cè)極驗(yàn)服務(wù)器是否宕機(jī) new_captcha: data.new_captcha, // 用于宕機(jī)時(shí)表示是新驗(yàn)證碼的宕機(jī) product: "float", // 產(chǎn)品形式，包括：float，popup width: "280px", https: true // 更多配置參數(shù)說(shuō)明請(qǐng)參見(jiàn)：http://docs.geetest.com/install/client/web-front/ }, handler); } }); } function codeCutdown() { if(_wait == 0){ //倒計(jì)時(shí)完成 $(".getcheckcode").removeClass('dis').html("重新獲取"); }else{ $(".getcheckcode").addClass('dis').html("重新獲取("+_wait+"s)"); _wait--; setTimeout(function () { codeCutdown(); },1000); } } function inputValidate(ele,telInput) { var oInput = ele; var inputVal = oInput.val(); var oType = ele.attr('data-type'); var oEtag = $('#etag').val(); var oErr = oInput.closest('.form_box').next('.err_txt'); var empTxt = '請(qǐng)輸入'+oInput.attr('placeholder')+'！'; var errTxt = '請(qǐng)輸入正確的'+oInput.attr('placeholder')+'！'; var pattern; if(inputVal==""){ if(!telInput){ errFun(oErr,empTxt); } return false; }else { switch (oType){ case 'login_mobile': pattern = /^1[3456789]\d{9}$/; if(inputVal.length==11) { $.ajax({ url: '/login/checkmobile', type: "post", dataType: "json", data: { mobile: inputVal, etag: oEtag, page_ur: window.location.href, page_referer: document.referrer }, success: function (data) { } }); } break; case 'login_yzm': pattern = /^\d{6}$/; break; } if(oType=='login_mobile'){ } if(!!validateFun(pattern,inputVal)){ errFun(oErr,'') if(telInput){ $('.getcheckcode').removeClass('dis'); } }else { if(!telInput) { errFun(oErr, errTxt); }else { $('.getcheckcode').addClass('dis'); } return false; } } return true; } function errFun(obj,msg) { obj.html(msg); if(msg==''){ $('.login_submit').removeClass('dis'); }else { $('.login_submit').addClass('dis'); } } function validateFun(pat,val) { return pat.test(val); }