
使用R完成決策樹分類
傳統(tǒng)的ID3和C4.5一般用于分類問題,其中ID3使用信息增益進行特征選擇,即遞歸的選擇分類能力最強的特征對數(shù)據(jù)進行分割,C4.5唯一不同的是使用信息增益比進行特征選擇。
特征A對訓練數(shù)據(jù)D的信息增益g(D, A) = 集合D的經(jīng)驗熵H(D) - 特征A給定情況下D的經(jīng)驗條件熵H(D|A)
特征A對訓練數(shù)據(jù)D的信息增益比r(D, A) = g(D, A) / H(D)
而CART(分類與回歸)模型既可以用于分類、也可以用于回歸,對于回歸樹(最小二乘回歸樹生成算法),需要尋找最優(yōu)切分變量和最優(yōu)切分點,對于分類樹(CART生成算法),使用基尼指數(shù)選擇最優(yōu)特征。
一個使用rpart完成決策樹分類的例子如下:
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library(rpart);
## rpart.control對樹進行一些設(shè)置
## xval是10折交叉驗證
## minsplit是最小分支節(jié)點數(shù),這里指大于等于20,那么該節(jié)點會繼續(xù)分劃下去,否則停止
## minbucket:葉子節(jié)點最小樣本數(shù)
## maxdepth:樹的深度
## cp全稱為complexity parameter,指某個點的復(fù)雜度,對每一步拆分,模型的擬合優(yōu)度必須提高的程度
ct <- rpart.control(xval=10, minsplit=20, cp=0.1)
## kyphosis是rpart這個包自帶的數(shù)據(jù)集
## na.action:缺失數(shù)據(jù)的處理辦法,默認為刪除因變量缺失的觀測而保留自變量缺失的觀測。
## method:樹的末端數(shù)據(jù)類型選擇相應(yīng)的變量分割方法:
## 連續(xù)性method=“anova”,離散型method=“class”,計數(shù)型method=“poisson”,生存分析型method=“exp”
## parms用來設(shè)置三個參數(shù):先驗概率、損失矩陣、分類純度的度量方法(gini和information)
## cost我覺得是損失矩陣,在剪枝的時候,葉子節(jié)點的加權(quán)誤差與父節(jié)點的誤差進行比較,考慮損失矩陣的時候,從將“減少-誤差”調(diào)整為“減少-損失”
fit <- rpart(Kyphosis~Age + Number + Start,
data=kyphosis, method="class",control=ct,
parms = list(prior = c(0.65,0.35), split = "information"));
## 第一種
par(mfrow=c(1,3));
plot(fit);
text(fit,use.n=T,all=T,cex=0.9);
## 第二種,這種會更漂亮一些
library(rpart.plot);
rpart.plot(fit, branch=1, branch.type=2, type=1, extra=102,
shadow.col="gray", box.col="green",
border.col="blue", split.col="red",
split.cex=1.2, main="Kyphosis決策樹");
## rpart包提供了復(fù)雜度損失修剪的修剪方法,printcp會告訴分裂到每一層,cp是多少,平均相對誤差是多少
## 交叉驗證的估計誤差(“xerror”列),以及標準誤差(“xstd”列),平均相對誤差=xerror±xstd
printcp(fit);
## 通過上面的分析來確定cp的值
## 我們可以用下面的辦法選擇具有最小xerror的cp的辦法:
## prune(fit, cp= fit$cptable[which.min(fit$cptable[,"xerror"]),"CP"])
fit2 <- prune(fit, cp=0.01);
rpart.plot(fit2, branch=1, branch.type=2, type=1, extra=102,
shadow.col="gray", box.col="green",
border.col="blue", split.col="red",
split.cex=1.2, main="Kyphosis決策樹");
效果圖如下:
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