R語言生存分析

生存分析涉及預(yù)測(cè)當(dāng)特定事件將要發(fā)生的時(shí)間。它也被稱為故障時(shí)間分析，或死亡時(shí)間的分析。例如，預(yù)測(cè)天的人患有癌癥將生存的數(shù)量和預(yù)測(cè)時(shí)間時(shí)機(jī)械系統(tǒng)是要失敗。

在R中包名為 survival 是用來進(jìn)行生存分析。這個(gè)軟件包包含了 Surv()函數(shù)，這需要輸入數(shù)據(jù)為一個(gè)R公式，被選中的變量分析中創(chuàng)建了一個(gè)生存的對(duì)象。然后我們使用 survfit()函數(shù)來創(chuàng)建一個(gè)情節(jié)進(jìn)行分析。

安裝軟件包

install.packages("survival")

語法

對(duì)于R中創(chuàng)造生存分析的基本語法是：Surv(time,event) survfit(formula)

以下是所使用的參數(shù)的說明：

time 是跟進(jìn)時(shí)間，直到事件發(fā)生。

event 表明出現(xiàn)預(yù)期的事件的狀態(tài)。

formula 是預(yù)測(cè)變量之間的關(guān)系。

示例

我們會(huì)考慮 “pbc” 出現(xiàn)在上面已安裝了生存包中的數(shù)據(jù)集。它介紹有關(guān)患有肝原發(fā)性膽汁性肝硬化（PBC）的人的生存數(shù)據(jù)點(diǎn)中間出現(xiàn)在數(shù)據(jù)集中的許多列，我們主要關(guān)心的字段 "time" 和 "status". 時(shí)間代表患者的登記和更早的患者接受了肝移植患者的或死亡之間的事件之間的天數(shù)。

# Load the library.
library("survival")

# Print first few rows.
print(head(pbc))

當(dāng)我們上面的代碼執(zhí)行，它會(huì)產(chǎn)生以下結(jié)果及圖表：

  id time status trt      age sex ascites hepato spiders edema bili chol albumin copper alk.phos    ast
1  1  400      2   1 58.76523   f       1      1       1   1.0 14.5  261    2.60    156   1718.0 137.95
2  2 4500      0   1 56.44627   f       0      1       1   0.0  1.1  302    4.14     54   7394.8 113.52
3  3 1012      2   1 70.07255   m       0      0       0   0.5  1.4  176    3.48    210    516.0  96.10
4  4 1925      2   1 54.74059   f       0      1       1   0.5  1.8  244    2.54     64   6121.8  60.63
5  5 1504      1   2 38.10541   f       0      1       1   0.0  3.4  279    3.53    143    671.0 113.15
6  6 2503      2   2 66.25873   f       0      1       0   0.0  0.8  248    3.98     50    944.0  93.00
  trig platelet protime stage
1  172      190    12.2     4
2   88      221    10.6     3
3   55      151    12.0     4
4   92      183    10.3     4
5   72      136    10.9     3
6   63       NA    11.0     3

從上面的數(shù)據(jù)我們正在考慮的時(shí)間和狀態(tài)我們的分析。

應(yīng)用 Surv() 和 survfit() 函數(shù)

現(xiàn)在，我們應(yīng)用 Surv() 函數(shù)適用于設(shè)置上述數(shù)據(jù)，并創(chuàng)建一個(gè)情節(jié)用于顯示的趨勢(shì)。

# Load the library.
library("survival")

# Create the survival object.
survfit(Surv(pbc$time,pbc$status==2)~1)

# Give the chart file a name.
png(file = "survival.png")

# Plot the graph.
plot(survfit(Surv(pbc$time,pbc$status==2)~1))

# Save the file.
dev.off()

當(dāng)我們上面的代碼執(zhí)行，它會(huì)產(chǎn)生以下結(jié)果及圖表：

Call: survfit(formula = Surv(pbc$time, pbc$status == 2) ~ 1)

      n  events  median 0.95LCL 0.95UCL
    418     161    3395    3090    3853

在上面的圖中的趨勢(shì)，可以幫助我們預(yù)測(cè)在若干天結(jié)束的生存概率。