在使用MD5作為主鍵的情況下，MySQL選擇哪個存儲引擎比較合適，需要綜合考慮多個方面，包括數據安全性、操作效率、事務支持等因素。一般來說，InnoDB存儲引擎是更好的選擇。

首先，MD5是一種哈希算法，可以將輸入的任意長度的數據轉換成固定長度的哈希值。在數據庫中，MD5通常被用作主鍵或唯一標識符，以保證數據不重復且安全性高。然而，MD5作為主鍵存在一些問題，例如無法排序、可能會產生碰撞等。但是，如果對于一個應用場景中，MD5主鍵合理的話，那么我們需要考慮如何選取合適的存儲引擎。

MyISAM和InnoDB是MySQL最流行的兩個存儲引擎。MyISAM是一種非事務型存儲引擎，它適用于大量讀取的應用場景，并具有快速的插入和查詢速度。相反，InnoDB是一種事務型存儲引擎，可以提供核心功能，例如ACID事務、行鎖定、外鍵約束等，適用于高并發(fā)更新、插入和查詢的應用場景。

在使用MD5作為主鍵時，InnoDB存儲引擎優(yōu)于MyISAM，主要有以下幾個原因：

1. 數據安全性 MD5作為主鍵可以保證數據的唯一性和安全性。但是，在使用MyISAM存儲引擎時，如果系統意外崩潰或數據損壞，可能會導致數據丟失或損壞，從而影響數據的完整性和安全性。因為MyISAM沒有提供事務支持，不能保證數據的一致性。相反，InnoDB存儲引擎提供ACID事務支持，可以強制保證事務的原子性、一致性、隔離性和持久性，從而保證數據的安全性和完整性。

2. 并發(fā)訪問 對于大量并發(fā)訪問的應用場景，InnoDB比MyISAM更加合適。MyISAM在進行插入、更新或刪除操作時需要鎖定整個表，這會導致其他用戶無法訪問該表，從而影響并發(fā)性能。相反，InnoDB使用行級鎖定，只鎖定需要修改的行，可以更好地處理多個并發(fā)訪問請求，從而提高了數據庫的并發(fā)性能。

3. 性能優(yōu)化 在MyISAM中，索引和數據是分開存放的，查詢時需要先獲取索引，再根據索引指向的地址獲取數據，這會造成額外的IO開銷。而在InnoDB中，索引和數據是存放在一起的，可以更快地訪問數據。此外，InnoDB還提供了緩沖池、自適應哈希索引等特性，可以提高查詢效率。

4. 外鍵約束 MyISAM不支持外鍵約束，而InnoDB支持外鍵約束，并且會檢查參照完整性。因此，在需要使用外鍵的場景下，InnoDB是更好的選擇。

綜上所述，在使用MD5作為主鍵時，MySQL選擇InnoDB存儲引擎比較合適。InnoDB提供了事務支持、并發(fā)訪問、性能優(yōu)化和外鍵約束等功能，可以保證數據的安全性、完整性和一致性，同時也能提高數據庫的性能和并發(fā)訪問能力。