
作者:丁點helper
來源:丁點幫你
前面兩篇文章初步介紹了生存分析基本入門的內(nèi)容,今天我們來看看實際應(yīng)用中怎么估計生存率。具體的方法和術(shù)語我們先不講,首先來看例子。
案例:為了解肺癌患者接受某種治療后的生存狀況,研究者收集了12名肺癌患者手術(shù)加化療的住院資料。他們的生存時間(月)分別為:2, 5, 8, 9, 9+, 10, 13, 13, 15+, 18, 20, 23+。
試問,采用該治療方案的12名患者的術(shù)后生存率如何?(案例來自相關(guān)教科書,有刪改)
如何來評判這種治療方法的生存率呢?我們從“生存數(shù)據(jù)”入手,關(guān)于生存數(shù)據(jù)的詳細解釋大家可以看第一篇文章。
今天的文章我們來一步步搞懂上面這張表。
案例中介紹了,一共有12名住院患者,他們的生存時間(用 t 表示)分別為:2, 5, 8, 9, 9+, 10, 13, 13, 15+, 18, 20, 23+,單位是月。第一個問題,有些數(shù)字有加號,有些沒有,是為什么呢?
有加號的表示,該數(shù)據(jù)是“刪失數(shù)據(jù)”,什么是刪失數(shù)據(jù)?(以及什么是完全數(shù)據(jù)?)可以看第一篇文章。這里簡單理解就是,患者失聯(lián)了,后續(xù)的信息無法獲取。
比如上面的生存時間數(shù)據(jù)中有一個“9+”,可以理解為,跟蹤了9個月,患者一直存活且保持著聯(lián)系,可是當下一次(比如第10個月開始)去找他的時候(專業(yè)名詞叫“隨訪”),找不到了,說的不好聽一點,是死是活不知道。
因此,對于這樣的數(shù)據(jù),我們就叫“刪失數(shù)據(jù)”。由于患者確實可能還活著,只是失聯(lián),謹慎起見,我們就在上一次隨訪的數(shù)據(jù)“9”后面加一個“+”,表示他存活的時間可能長于9個月。
其他的刪失數(shù)據(jù)也這樣理解。搞懂刪失后,我們再來看這個表。表格的第(1)列序號代表什么呢?排序的號碼!
將上面12名患者的生存時間t 從小到大排序并編號。
——注意兩點:
第一,完全數(shù)據(jù)和刪失數(shù)據(jù)要用不同的編號,比如上面的“9”和“9+”一個是編號“4”,一個是編號“5”,完全數(shù)據(jù)列在刪失數(shù)據(jù)前面;
第二,其他情況下,相同的生存時間編號相同,比如上面有兩個“13”,所以都編為“7”。
編號完成后,就把相應(yīng)的生存時間排進去,見上表第(2)列。
這里大家需要熟悉一些表達,比如t?=2、t?=5 ... 就是指隨訪的第一個時間點是2個月,隨訪的第二個時間點是第5個月。
接著往后看,第(3)列是“死亡例數(shù)”,就是指在這個時間段的死亡人數(shù)是多少?
比如在第一個時間段內(nèi)( t?=2 )有1名患者死亡,就表示為:d?=1;
同理,在第二個時間段內(nèi)也有1名死亡(注意是: t?~ t?,就是2月末到第5月末),表示為:d?=1;
后續(xù)依次類推,這里需要注意的是,“死亡例數(shù)”記錄的是某個特定的時間段內(nèi)的死亡人數(shù),不是累計的死亡人數(shù)。
表格中第(4)列稱作“刪失數(shù)據(jù)”,就是記錄那些帶“+”號的數(shù)據(jù)的,可以發(fā)現(xiàn),上面每一個刪失數(shù)據(jù)都單獨做一例錄入。
第(5)列“期初人數(shù)”就與上面“死亡例數(shù)”相對應(yīng),就是指這個觀察期開始時的人數(shù)。
第一個數(shù)( n?)是“12”,就表示剛開始觀察的人數(shù)是12人。
隨著觀察時間的延長,有患者死亡,就算作是一期。比如,到第2月末時,有1名患者死亡,那么下一個觀察期的“期初人數(shù)”就是 12-1 = 11,因此: n?=11,到第5月末時,又一名患者死亡,第3期(i = 3)“期初人數(shù)”就是 11-1 = 10,表示為: n?=10。
后面的以此類推,由此我們可以得出一個計算公式:
后面兩列——死亡概率和生存概率也很好理解,只有一點,就是要明白這里計算的概率都是以一期為單位的,而不是累積的。
比如第一期( i=1),一名患者死亡,所以,死亡概率就是:1/12;對應(yīng)的生存概率就是:1-1/12。
第二期( i=2),也有一名患者死亡,死亡概率:1/11; 生存概率:1-1/11。
需要注意,這里的分母變成了11。原因還是:這里是以每一期為一個單位,計算時,都以該期的“期初人數(shù)”為分母。
搞清楚了死亡概率和生存概率,終于迎來了我們的主角“生存率”。
這個生存率怎么計算?很簡單,就是各期生存概率的乘積。
后面的依次類推,就是這么簡單。
我們來驗算一下,比如:
用計算器算一下,這個也可以口算,你發(fā)現(xiàn)了么?
至于為什么這里都要加一個“ ^ ”以及上表中最后一列“生存率的標準誤”怎么理解和計算,我們留到下一篇文章。
以上我們估算生存率的方法教科書稱為:Kaplan-Meier法,又稱乘積極限法,可以簡單記為K-M法。
其基本思想是:將所有觀察對象的生存時間(包括刪失數(shù)據(jù))由小到大依次排列,對每個時間點進行死亡概率、生存概率和生存率的估計。
回顧上面的文章,是否就是這個過程呢?
K-M法一般用于觀察對象數(shù)目較少的沒有進行特定分組的資料(如同本例)。這樣可以能夠充分利用每條記錄的信息,估計不同生存時間點的生存率。
以上就是今天的內(nèi)容。我們可以看到,實際應(yīng)用中生存率的計算并不難,就是幾個概率相乘。
學(xué)習(xí)起來真正的難點是一整套數(shù)據(jù)的記錄和整理方法,而且還出現(xiàn)“刪失”這種看起來就頭大的術(shù)語。
所以,處理生存分析,首先要按照我們今天文章的梳理過程,一步一步弄懂每一個的指標的意義,生存率的估計就水到渠成了。
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