CDA數(shù)據(jù)分析師 出品  

作者：Mika

數(shù)據(jù)：真達(dá)  

后期：Mika

【導(dǎo)讀】手把手教你如何用python寫出心血管疾病預(yù)測(cè)模型。

全球每年約有1700萬(wàn)人死于心血管疾病，當(dāng)中主要表現(xiàn)為心肌梗死和心力衰竭。當(dāng)心臟不能泵出足夠的血液來(lái)滿足人體的需要時(shí)，就會(huì)發(fā)生心力衰竭，通常由糖尿病、高血壓或其他心臟疾病引起。

在檢測(cè)心血管疾病的早期癥狀時(shí)，機(jī)器學(xué)習(xí)就能派上用場(chǎng)了。通過(guò)患者的電子病歷，可以記錄患者的癥狀、身體特征、臨床實(shí)驗(yàn)室測(cè)試值，從而進(jìn)行生物統(tǒng)計(jì)分析，這能夠發(fā)現(xiàn)那些醫(yī)生無(wú)法檢測(cè)到的模式和相關(guān)性。

尤其通過(guò)機(jī)器學(xué)習(xí)，根據(jù)數(shù)據(jù)就能預(yù)測(cè)患者的存活率，今天我們就教大家如何用Python寫一個(gè)心血管疾病的預(yù)測(cè)模型。

研究背景和數(shù)據(jù)來(lái)源

我們用到的數(shù)據(jù)集來(lái)自Davide Chicco和Giuseppe Jurman發(fā)表的論文：《機(jī)器學(xué)習(xí)可以僅通過(guò)血肌酐和射血分?jǐn)?shù)來(lái)預(yù)測(cè)心力衰竭患者的生存率》。

他們收集整理了299名心力衰竭患者的醫(yī)療記錄，這些患者數(shù)據(jù)來(lái)自2015年4月至12月間巴基斯坦費(fèi)薩拉巴德心臟病研究所和費(fèi)薩拉巴德聯(lián)合醫(yī)院。這些患者由105名女性和194名男性組成，年齡在40至95歲之間。所有299例患者均患有左心室收縮功能不全，并曾出現(xiàn)過(guò)心力衰竭。

Davide和Giuseppe應(yīng)用了多個(gè)機(jī)器學(xué)習(xí)分類器來(lái)預(yù)測(cè)患者的生存率，并根據(jù)最重要的危險(xiǎn)因素對(duì)特征進(jìn)行排序。同時(shí)還利用傳統(tǒng)的生物統(tǒng)計(jì)學(xué)測(cè)試進(jìn)行了另一種特征排序分析，并將這些結(jié)果與機(jī)器學(xué)習(xí)算法提供的結(jié)果進(jìn)行比較。

他們分析對(duì)比了心力衰竭患者的一系列數(shù)據(jù)，最終發(fā)現(xiàn)根據(jù)血肌酐和射血分?jǐn)?shù)這兩項(xiàng)數(shù)據(jù)能夠很好的預(yù)測(cè)心力衰竭患者的存活率。

今天我們就教教大家，如果根據(jù)這共13個(gè)字段的299 條病人診斷記錄，用Python寫出預(yù)測(cè)心力衰竭患者存活率的預(yù)測(cè)模型。

下面是具體的步驟和關(guān)鍵代碼。

01、數(shù)據(jù)理解

數(shù)據(jù)取自于kaggle平臺(tái)分享的心血管疾病數(shù)據(jù)集，共有13個(gè)字段299 條病人診斷記錄。具體的字段概要如下：

02、數(shù)據(jù)讀入和初步處理

首先導(dǎo)入所需包。

# 數(shù)據(jù)整理
import numpy as np 
import pandas as pd 

# 可視化
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
import plotly as py 
import plotly.graph_objs as go
import plotly.express as px
import plotly.figure_factory as ff

# 模型建立
from sklearn.linear_model import LogisticRegression
from sklearn.tree import DecisionTreeClassifier
from sklearn.ensemble import GradientBoostingClassifier, RandomForestClassifier
import lightgbm

# 前處理
from sklearn.preprocessing import StandardScaler

# 模型評(píng)估
from sklearn.model_selection import train_test_split, GridSearchCV
from sklearn.metrics import plot_confusion_matrix, confusion_matrix, f1_score

加載并預(yù)覽數(shù)據(jù)集：

# 讀入數(shù)據(jù)
df = pd.read_csv('./data/heart_failure.csv')
df.head() 

03、探索性分析

1. 描述性分析

df.describe().T

從上述描述性分析結(jié)果簡(jiǎn)單總結(jié)如下：

• 是否死亡：平均的死亡率為32%；
• 年齡分布：平均年齡60歲，最小40歲，最大95歲
• 是否有糖尿?。河?1.8%患有糖尿病
• 是否有高血壓：有35.1%患有高血壓
• 是否抽煙：有32.1%有抽煙

2. 目標(biāo)變量

# 產(chǎn)生數(shù)據(jù)
death_num = df['DEATH_EVENT'].value_counts() 
death_num = death_num.reset_index()

# 餅圖
fig = px.pie(death_num, names='index', values='DEATH_EVENT')
fig.update_layout(title_text='目標(biāo)變量DEATH_EVENT的分布')  
py.offline.plot(fig, filename='./html/目標(biāo)變量DEATH_EVENT的分布.html')

總共有299人，其中隨訪期未存活人數(shù)96人，占總?cè)藬?shù)的32.1%

3. 貧血

從圖中可以看出，有貧血癥狀的患者死亡概率較高，為35.66%。

bar1 = draw_categorical_graph(df['anaemia'], df['DEATH_EVENT'], title='紅細(xì)胞、血紅蛋白減少和是否存活')
bar1.render('./html/紅細(xì)胞血紅蛋白減少和是否存活.html')  

4. 年齡

從直方圖可以看出，在患心血管疾病的病人中年齡分布差異較大，表現(xiàn)趨勢(shì)為年齡越大，生存比例越低、死亡的比例越高。

# 產(chǎn)生數(shù)據(jù)
surv = df[df['DEATH_EVENT'] == 0]['age']
not_surv = df[df['DEATH_EVENT'] == 1]['age']

hist_data = [surv, not_surv]
group_labels = ['Survived', 'Not Survived']

# 直方圖
fig = ff.create_distplot(hist_data, group_labels, bin_size=0.5) 
fig.update_layout(title_text='年齡和生存狀態(tài)關(guān)系') 
py.offline.plot(fig, filename='./html/年齡和生存狀態(tài)關(guān)系.html')  

5. 年齡/性別

從分組統(tǒng)計(jì)和圖形可以看出，不同性別之間生存狀態(tài)沒(méi)有顯著性差異。在死亡的病例中，男性的平均年齡相對(duì)較高。

6. 年齡/抽煙

數(shù)據(jù)顯示，整體來(lái)看，是否抽煙與生存與否沒(méi)有顯著相關(guān)性。但是當(dāng)我們關(guān)注抽煙的人群中，年齡在50歲以下生存概率較高。

7. 磷酸肌酸激酶(CPK)

從直方圖可以看出，血液中CPK酶的水平較高的人群死亡的概率較高。

8. 射血分?jǐn)?shù)

射血分?jǐn)?shù)代表了心臟的泵血功能，過(guò)高和過(guò)低水平下，生存的概率較低。

9. 血小板

血液中血小板（100~300）×10^9個(gè)/L，較高或較低的水平則代表不正常，存活的概率較低。

10. 血肌酐水平

血肌酐是檢測(cè)腎功能的最常用指標(biāo)，較高的指數(shù)代表腎功能不全、腎衰竭，有較高的概率死亡。

11. 血清鈉水平

圖形顯示，血清鈉較高或較低往往伴隨著風(fēng)險(xiǎn)。

12. 相關(guān)性分析

從數(shù)值型屬性的相關(guān)性圖可以看出，變量之間沒(méi)有顯著的共線性關(guān)系。

num_df = df[['age', 'creatinine_phosphokinase', 'ejection_fraction', 'platelets',
                  'serum_creatinine', 'serum_sodium']]

plt.figure(figsize=(12, 12))
sns.heatmap(num_df.corr(), vmin=-1, cmap='coolwarm', linewidths=0.1, annot=True)
plt.title('Pearson correlation coefficient between numeric variables', fontdict={'fontsize': 15})
plt.show() 

04、特征篩選

我們使用統(tǒng)計(jì)方法進(jìn)行特征篩選，目標(biāo)變量DEATH_EVENT是分類變量時(shí)，當(dāng)自變量是分類變量，使用卡方鑒定，自變量是數(shù)值型變量，使用方差分析。

# 劃分X和y
X = df.drop('DEATH_EVENT', axis=1)
y = df['DEATH_EVENT'] 

from feature_selection import Feature_select

fs = Feature_select(num_method='anova', cate_method='kf') 
X_selected = fs.fit_transform(X, y) 
X_selected.head() 

2020 17:19:49 INFO attr select success!
After select attr: ['serum_creatinine', 'serum_sodium', 'ejection_fraction', 'age', 'time']

05、數(shù)據(jù)建模

首先劃分訓(xùn)練集和測(cè)試集。

# 劃分訓(xùn)練集和測(cè)試集
Features = X_selected.columns
X = df[Features] 
y = df["DEATH_EVENT"] 
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2, stratify=y, 
                                                    random_state=2020)

# 標(biāo)準(zhǔn)化
scaler = StandardScaler()
scaler_Xtrain = scaler.fit_transform(X_train) 
scaler_Xtest = scaler.fit_transform(X_test) 

lr = LogisticRegression()
lr.fit(scaler_Xtrain, y_train)
test_pred = lr.predict(scaler_Xtest)

# F1-score
print("F1_score of LogisticRegression is : ", round(f1_score(y_true=y_test, y_pred=test_pred),2)) 

我們使用決策樹進(jìn)行建模，設(shè)置特征選擇標(biāo)準(zhǔn)為gini，樹的深度為5。輸出混淆矩陣圖：在這個(gè)案例中，1類是我們關(guān)注的對(duì)象。

# DecisionTreeClassifier
clf = DecisionTreeClassifier(criterion='gini', max_depth=5, random_state=1)
clf.fit(X_train, y_train)
test_pred = clf.predict(X_test)  

# F1-score
print("F1_score of DecisionTreeClassifier is : ", round(f1_score(y_true=y_test, y_pred=test_pred),2)) 

# 繪圖
plt.figure(figsize=(10, 7))
plot_confusion_matrix(clf, X_test, y_test, cmap='Blues') 
plt.title("DecisionTreeClassifier - Confusion Matrix", fontsize=15)
plt.xticks(range(2), ["Heart Not Failed","Heart Fail"], fontsize=12)
plt.yticks(range(2), ["Heart Not Failed","Heart Fail"], fontsize=12)
plt.show()  

F1_score of DecisionTreeClassifier is :  0.61
<Figure size 720x504 with 0 Axes>

使用網(wǎng)格搜索進(jìn)行參數(shù)調(diào)優(yōu)，優(yōu)化標(biāo)準(zhǔn)為f1。

parameters = {'splitter':('best','random'),
              'criterion':("gini","entropy"),
              "max_depth":[*range(1, 20)],
             }

clf = DecisionTreeClassifier(random_state=1) 
GS = GridSearchCV(clf, param_grid=parameters, cv=10, scoring='f1', n_jobs=-1) 
GS.fit(X_train, y_train)

print(GS.best_params_) 
print(GS.best_score_) 

{'criterion': 'entropy', 'max_depth': 3, 'splitter': 'best'}
0.7638956305132776

使用最優(yōu)的模型重新評(píng)估測(cè)試集效果：

test_pred = GS.best_estimator_.predict(X_test)

# F1-score
print("F1_score of DecisionTreeClassifier is : ", round(f1_score(y_true=y_test, y_pred=test_pred),2)) 

# 繪圖
plt.figure(figsize=(10, 7))
plot_confusion_matrix(GS, X_test, y_test, cmap='Blues') 
plt.title("DecisionTreeClassifier - Confusion Matrix", fontsize=15)
plt.xticks(range(2), ["Heart Not Failed","Heart Fail"], fontsize=12)
plt.yticks(range(2), ["Heart Not Failed","Heart Fail"], fontsize=12)
plt.show() 

使用隨機(jī)森林

# RandomForestClassifier
rfc = RandomForestClassifier(n_estimators=1000, random_state=1)

parameters = {'max_depth': np.arange(2, 20, 1) }
GS = GridSearchCV(rfc, param_grid=parameters, cv=10, scoring='f1', n_jobs=-1)  
GS.fit(X_train, y_train)  

print(GS.best_params_) 
print(GS.best_score_) 

test_pred = GS.best_estimator_.predict(X_test)

# F1-score
print("F1_score of RandomForestClassifier is : ", 
      round(f1_score(y_true=y_test, y_pred=test_pred),2)) 

{'max_depth': 3}
0.791157747481277
F1_score of RandomForestClassifier is :  0.53

使用Boosting

gbl = GradientBoostingClassifier(n_estimators=1000, random_state=1)

parameters = {'max_depth': np.arange(2, 20, 1) }
GS = GridSearchCV(gbl, param_grid=parameters, cv=10, scoring='f1', n_jobs=-1)  
GS.fit(X_train, y_train)  

print(GS.best_params_) 
print(GS.best_score_) 

# 測(cè)試集
test_pred = GS.best_estimator_.predict(X_test)

# F1-score
print("F1_score of GradientBoostingClassifier is : ", 
      round(f1_score(y_true=y_test, y_pred=test_pred),2))

{'max_depth': 3}
0.7288420428900305
F1_score of GradientBoostingClassifier is :  0.65

使用LGBMClassifier

lgb_clf = lightgbm.LGBMClassifier(boosting_type='gbdt', random_state=1)

parameters = {'max_depth': np.arange(2, 20, 1) }
GS = GridSearchCV(lgb_clf, param_grid=parameters, cv=10, scoring='f1', n_jobs=-1)  
GS.fit(X_train, y_train)  

print(GS.best_params_) 
print(GS.best_score_) 

# 測(cè)試集
test_pred = GS.best_estimator_.predict(X_test)

# F1-score
print("F1_score of LGBMClassifier is : ", round(f1_score(y_true=y_test, y_pred=test_pred),2)) 

{'max_depth': 2}
0.780378102289867
F1_score of LGBMClassifier is :  0.74

以下為各模型在測(cè)試集上的表現(xiàn)效果對(duì)比：

LogisticRegression：0.63

DecisionTree Classifier：0.73

Random Forest Classifier: 0.53

GradientBoosting Classifier: 0.65

LGBM Classifier: 0.74

參考鏈接：

Machine learning can predict survival of patients with heart failure from serum creatinine and ejection fraction alone

https://bmcmedinformdecismak.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12911-020-1023-5#Abs1