
使用sklearn優(yōu)雅地進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘
1 使用sklearn進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘
1.1 數(shù)據(jù)挖掘的步驟
數(shù)據(jù)挖掘通常包括數(shù)據(jù)采集,數(shù)據(jù)分析,特征工程,訓(xùn)練模型,模型評估等步驟。使用sklearn工具可以方便地進(jìn)行特征工程和模型訓(xùn)練工作,在《使用sklearn做單機(jī)特征工程》中,我們最后留下了一些疑問:特征處理類都有三個(gè)方法fit、transform和fit_transform,fit方法居然和模型訓(xùn)練方法fit同名(不光同名,參數(shù)列表都一樣),這難道都是巧合?
顯然,這不是巧合,這正是sklearn的設(shè)計(jì)風(fēng)格。我們能夠更加優(yōu)雅地使用sklearn進(jìn)行特征工程和模型訓(xùn)練工作。此時(shí),不妨從一個(gè)基本的數(shù)據(jù)挖掘場景入手:
我們使用sklearn進(jìn)行虛線框內(nèi)的工作(sklearn也可以進(jìn)行文本特征提?。?。通過分析sklearn源碼,我們可以看到除訓(xùn)練,預(yù)測和評估以外,處理其他工作的類都實(shí)現(xiàn)了3個(gè)方法:fit、transform和fit_transform。從命名中可以看到,fit_transform方法是先調(diào)用fit然后調(diào)用transform,我們只需要關(guān)注fit方法和transform方法即可。
transform方法主要用來對特征進(jìn)行轉(zhuǎn)換。從可利用信息的角度來說,轉(zhuǎn)換分為無信息轉(zhuǎn)換和有信息轉(zhuǎn)換。無信息轉(zhuǎn)換是指不利用任何其他信息進(jìn)行轉(zhuǎn)換,比如指數(shù)、對數(shù)函數(shù)轉(zhuǎn)換等。有信息轉(zhuǎn)換從是否利用目標(biāo)值向量又可分為無監(jiān)督轉(zhuǎn)換和有監(jiān)督轉(zhuǎn)換。無監(jiān)督轉(zhuǎn)換指只利用特征的統(tǒng)計(jì)信息的轉(zhuǎn)換,統(tǒng)計(jì)信息包括均值、標(biāo)準(zhǔn)差、邊界等等,比如標(biāo)準(zhǔn)化、PCA法降維等。有監(jiān)督轉(zhuǎn)換指既利用了特征信息又利用了目標(biāo)值信息的轉(zhuǎn)換,比如通過模型選擇特征、LDA法降維等。通過總結(jié)常用的轉(zhuǎn)換類,我們得到下表:
包 | 類 | 參數(shù)列表 | 類別 | fit方法有用 | 說明 |
sklearn.preprocessing | StandardScaler | 特征 | 無監(jiān)督 | Y | 標(biāo)準(zhǔn)化 |
sklearn.preprocessing | MinMaxScaler | 特征 | 無監(jiān)督 | Y | 區(qū)間縮放 |
sklearn.preprocessing | Normalizer | 特征 | 無信息 | N | 歸一化 |
sklearn.preprocessing | Binarizer | 特征 | 無信息 | N | 定量特征二值化 |
sklearn.preprocessing | OneHotEncoder | 特征 | 無監(jiān)督 | Y | 定性特征編碼 |
sklearn.preprocessing | Imputer | 特征 | 無監(jiān)督 | Y | 缺失值計(jì)算 |
sklearn.preprocessing | PolynomialFeatures | 特征 | 無信息 | N | 多項(xiàng)式變換(fit方法僅僅生成了多項(xiàng)式的表達(dá)式) |
sklearn.preprocessing | FunctionTransformer | 特征 | 無信息 | N | 自定義函數(shù)變換(自定義函數(shù)在transform方法中調(diào)用) |
sklearn.feature_selection | VarianceThreshold | 特征 | 無監(jiān)督 | Y | 方差選擇法 |
sklearn.feature_selection | SelectKBest | 特征/特征+目標(biāo)值 | 無監(jiān)督/有監(jiān)督 | Y | 自定義特征評分選擇法 |
sklearn.feature_selection | SelectKBest+chi2 | 特征+目標(biāo)值 | 有監(jiān)督 | Y | 卡方檢驗(yàn)選擇法 |
sklearn.feature_selection | RFE | 特征+目標(biāo)值 | 有監(jiān)督 | Y | 遞歸特征消除法 |
sklearn.feature_selection | SelectFromModel | 特征+目標(biāo)值 | 有監(jiān)督 | Y | 自定義模型訓(xùn)練選擇法 |
sklearn.decomposition | PCA | 特征 | 無監(jiān)督 | Y | PCA降維 |
sklearn.lda | LDA | 特征+目標(biāo)值 | 有監(jiān)督 | Y | LDA降維 |
不難看到,只有有信息的轉(zhuǎn)換類的fit方法才實(shí)際有用,顯然fit方法的主要工作是獲取特征信息和目標(biāo)值信息,在這點(diǎn)上,fit方法和模型訓(xùn)練時(shí)的fit方法就能夠聯(lián)系在一起了:都是通過分析特征和目標(biāo)值,提取有價(jià)值的信息,對于轉(zhuǎn)換類來說是某些統(tǒng)計(jì)量,對于模型來說可能是特征的權(quán)值系數(shù)等。另外,只有有監(jiān)督的轉(zhuǎn)換類的fit和transform方法才需要特征和目標(biāo)值兩個(gè)參數(shù)。fit方法無用不代表其沒實(shí)現(xiàn),而是除合法性校驗(yàn)以外,其并沒有對特征和目標(biāo)值進(jìn)行任何處理,Normalizer的fit方法實(shí)現(xiàn)如下:
基于這些特征處理工作都有共同的方法,那么試想可不可以將他們組合在一起?在本文假設(shè)的場景中,我們可以看到這些工作的組合形式有兩種:流水線式和并行式。基于流水線組合的工作需要依次進(jìn)行,前一個(gè)工作的輸出是后一個(gè)工作的輸入;基于并行式的工作可以同時(shí)進(jìn)行,其使用同樣的輸入,所有工作完成后將各自的輸出合并之后輸出。sklearn提供了包pipeline來完成流水線式和并行式的工作。
1.2 數(shù)據(jù)初貌
在此,我們?nèi)匀皇褂肐RIS數(shù)據(jù)集來進(jìn)行說明。為了適應(yīng)提出的場景,對原數(shù)據(jù)集需要稍微加工:
1.3 關(guān)鍵技術(shù)
并行處理,流水線處理,自動(dòng)化調(diào)參,持久化是使用sklearn優(yōu)雅地進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘的核心。并行處理和流水線處理將多個(gè)特征處理工作,甚至包括模型訓(xùn)練工作組合成一個(gè)工作(從代碼的角度來說,即將多個(gè)對象組合成了一個(gè)對象)。在組合的前提下,自動(dòng)化調(diào)參技術(shù)幫我們省去了人工調(diào)參的反鎖。訓(xùn)練好的模型是貯存在內(nèi)存中的數(shù)據(jù),持久化能夠?qū)⑦@些數(shù)據(jù)保存在文件系統(tǒng)中,之后使用時(shí)無需再進(jìn)行訓(xùn)練,直接從文件系統(tǒng)中加載即可。
2 并行處理
并行處理使得多個(gè)特征處理工作能夠并行地進(jìn)行。根據(jù)對特征矩陣的讀取方式不同,可分為整體并行處理和部分并行處理。整體并行處理,即并行處理的每個(gè)工作的輸入都是特征矩陣的整體;部分并行處理,即可定義每個(gè)工作需要輸入的特征矩陣的列。
2.1 整體并行處理
pipeline包提供了FeatureUnion類來進(jìn)行整體并行處理:
2.2 部分并行處理
整體并行處理有其缺陷,在一些場景下,我們只需要對特征矩陣的某些列進(jìn)行轉(zhuǎn)換,而不是所有列。pipeline并沒有提供相應(yīng)的類(僅OneHotEncoder類實(shí)現(xiàn)了該功能),需要我們在FeatureUnion的基礎(chǔ)上進(jìn)行優(yōu)化:
在本文提出的場景中,我們對特征矩陣的第1列(花的顏色)進(jìn)行定性特征編碼,對第2、3、4列進(jìn)行對數(shù)函數(shù)轉(zhuǎn)換,對第5列進(jìn)行定量特征二值化處理。使用FeatureUnionExt類進(jìn)行部分并行處理的代碼如下:
3 流水線處理
pipeline包提供了Pipeline類來進(jìn)行流水線處理。流水線上除最后一個(gè)工作以外,其他都要執(zhí)行fit_transform方法,且上一個(gè)工作輸出作為下一個(gè)工作的輸入。最后一個(gè)工作必須實(shí)現(xiàn)fit方法,輸入為上一個(gè)工作的輸出;但是不限定一定有transform方法,因?yàn)榱魉€的最后一個(gè)工作可能是訓(xùn)練!
根據(jù)本文提出的場景,結(jié)合并行處理,構(gòu)建完整的流水線的代碼如下:
網(wǎng)格搜索為自動(dòng)化調(diào)參的常見技術(shù)之一,grid_search包提供了自動(dòng)化調(diào)參的工具,包括GridSearchCV類。對組合好的對象進(jìn)行訓(xùn)練以及調(diào)參的代碼如下:
externals.joblib包提供了dump和load方法來持久化和加載內(nèi)存數(shù)據(jù):
包 | 類或方法 | 說明 |
sklearn.pipeline | Pipeline | 流水線處理 |
sklearn.pipeline | FeatureUnion | 并行處理 |
sklearn.grid_search | GridSearchCV | 網(wǎng)格搜索調(diào)參 |
externals.joblib | dump | 數(shù)據(jù)持久化 |
externals.joblib | load | 從文件系統(tǒng)中加載數(shù)據(jù)至內(nèi)存 |
注意:組合和持久化都會(huì)涉及pickle技術(shù),在sklearn的技術(shù)文檔中有說明,將lambda定義的函數(shù)作為FunctionTransformer的自定義轉(zhuǎn)換函數(shù)將不能pickle化。
7 總結(jié)2015年我設(shè)計(jì)了一個(gè)基于sklearn的自動(dòng)化特征工程的工具,其以Mysql數(shù)據(jù)庫作為原始數(shù)據(jù)源,提供了“靈活的”特征提取、特征處理的配置方法,同時(shí)重新封裝了數(shù)據(jù)、特征和模型,以方便調(diào)度系統(tǒng)識(shí)別。說靈活,其實(shí)也只是通過配置文件的方式定義每個(gè)特征的提取和處理的sql語句。但是純粹使用sql語句來進(jìn)行特征處理是很勉強(qiáng)的,除去特征提取以外,我又造了一回輪子,原來sklearn提供了這么優(yōu)秀的特征處理、工作組合等功能。所以,我在這個(gè)博客中先不提任何算法和模型,先從數(shù)據(jù)挖掘工作的第一步開始,使用基于Python的各個(gè)工具把大部分步驟都走了一遍(抱歉,我暫時(shí)忽略了特征提取),希望這樣的梳理能夠少讓初學(xué)者走彎路吧。
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