
1. 理論知識(shí)
決策樹分類算法的一般流程如下:一開始,所有的實(shí)例均位于根節(jié)點(diǎn),所有參數(shù)的取值均離散化;根據(jù)啟發(fā)規(guī)則選擇一個(gè)參數(shù),根據(jù)參數(shù)取值的不同對(duì)實(shí)例集進(jìn)行分割;對(duì)分割后得到的節(jié)點(diǎn)進(jìn)行同樣的啟發(fā)式參數(shù)選擇分割過程,如此往復(fù),直到(a)分割得到的實(shí)例集合屬于同一類;(b)參數(shù)用完,以子集中絕大多數(shù)的實(shí)例類別作為該葉節(jié)點(diǎn)的類別。
基于熵的概念,我們可以得到參數(shù)選擇的第一個(gè)規(guī)則:信息增益(Info Gain).信息增益的定義是分裂前的節(jié)點(diǎn)熵減去分裂后子節(jié)點(diǎn)熵的加權(quán)和,即不純度的減少量,也就是純度的增加量。參數(shù)選擇的規(guī)則是:選擇使信息增益最大的參數(shù)分割該節(jié)點(diǎn)。信息增益計(jì)算的算例如下圖。
信息增益存在的問題時(shí):總是傾向于選擇包含多取值的參數(shù),因?yàn)閰?shù)的取值越多,其分割后的子節(jié)點(diǎn)純度可能越高。為了避免這個(gè)問題,我們引入了增益比例(Gain Ratio)的選擇指標(biāo),其定義如下圖所示。
增益比例存在的問題是:傾向于選擇分割不均勻的分裂方法,舉例而言,即一個(gè)拆分若分為兩個(gè)節(jié)點(diǎn),一個(gè)節(jié)點(diǎn)特別多的實(shí)例,一個(gè)節(jié)點(diǎn)特別少的實(shí)例,那么這種拆分有利于被選擇。
為了克服信息增益和增益比例各自的問題,標(biāo)準(zhǔn)的解決方案如下:首先利用信息增益概念,計(jì)算每一個(gè)參數(shù)分割的信息增益,獲得平均信息增益;選出信息增益大于平均值的所有參數(shù)集合,對(duì)該集合計(jì)算增益比例,選擇其中增益比例最大的參數(shù)進(jìn)行決策樹分裂。
上面介紹的是基于熵概念的參數(shù)選擇規(guī)則,另一種流行的規(guī)則稱為基尼指數(shù)(Gini Index),其定義如下圖?;嵯禂?shù)在節(jié)點(diǎn)類別分布均勻時(shí)取最大值1-1/n,在只包含一個(gè)類別時(shí)取最小值0. 所以與熵類似,也是一個(gè)描述不純度的指標(biāo)。
基于基尼系數(shù)的規(guī)則是:選擇不純度減少量(Reduction in impurity)最大的參數(shù)。不純度減少量是分割前的Gini index減去分割后的Gini index?;嵯禂?shù)的特點(diǎn)與信息增益的特點(diǎn)類似。
過度擬合問題(Overfitting)
過度擬合問題是對(duì)訓(xùn)練數(shù)據(jù)完全擬合的決策樹對(duì)新數(shù)據(jù)的預(yù)測能力較低。為了解決這個(gè)問題,有兩種解決方法。第一種方法是前剪枝(prepruning),即事先設(shè)定一個(gè)分裂閾值,若分裂得到的信息增益不大于這個(gè)閾值,則停止分裂。第二種方法是后剪枝(postpruning),首先生成與訓(xùn)練集完全擬合的決策樹,然后自下而上地逐層剪枝,如果一個(gè)節(jié)點(diǎn)的子節(jié)點(diǎn)被刪除后,決策樹的準(zhǔn)確度沒有降低,那么就將該節(jié)點(diǎn)設(shè)置為葉節(jié)點(diǎn)(基于的原則是Occam剪刀:具有相似效果的兩個(gè)模型選擇較簡單的那個(gè))。
Scalable決策樹分類算法
這里介紹兩個(gè)算法,一個(gè)是RainForest,其主要的貢獻(xiàn)是引入了一個(gè)稱為AVC的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu),其示意圖如下。主要的作用是加速參數(shù)選擇過程的計(jì)算。
另一個(gè)算法稱為BOAT,其采用了稱為bootstrap的統(tǒng)計(jì)技術(shù)對(duì)數(shù)據(jù)集進(jìn)行分割,在分割的子數(shù)據(jù)集上分別構(gòu)造決策樹,再基于這些決策樹構(gòu)造一個(gè)新的決策樹,文章證明這棵新樹與基于全局?jǐn)?shù)據(jù)集構(gòu)造的決策樹非常相近。這種方法的主要優(yōu)勢在于支持增量更新。
rpart(formula, data, weight s, subset, na. action = na. rpart, method, model= FALSE, x= FALSE,y= TRUE, parms, control, cost, . . . )
fomula 回歸方程形式: 例如 y~ x 1+ x2+ x3。
data 數(shù)據(jù): 包含前面方程中變量的數(shù)據(jù)框( data frame) 。
na.action 缺失數(shù)據(jù)的處理辦法: 默認(rèn)辦法是刪除因變量缺失的觀測而保留自變量缺失的觀測。
method 根據(jù)樹末端的數(shù)據(jù)類型選擇相應(yīng)變量分割方法,本參數(shù)有四種取值: 連續(xù)型>anova; 離散型>class; 計(jì)數(shù)型( 泊松過程)>poisson; 生存分析型>exp。程序會(huì)根據(jù)因變量的類型自動(dòng)選擇方法, 但一般情況下最好還是指明本參數(shù), 以便讓程序清楚做哪一種樹模型。
parms 用來設(shè)置三個(gè)參數(shù):先驗(yàn)概率、損失矩陣、分類純度的度量方法。anova沒有參數(shù);poisson分割有一個(gè)參數(shù),先驗(yàn)分布變異系數(shù)的比率,默認(rèn)為1;生存分布的參數(shù)和poisson一致;對(duì)離散型,可以設(shè)置先驗(yàn)分布的分布的概率(prior),損失矩陣(loss),分類純度(split);priors必須為正值且和為1,loss必須對(duì)角為0且非對(duì)角為正數(shù),split可以是gini(基尼系數(shù))或者information(信息增益);
control 控制每個(gè)節(jié)點(diǎn)上的最小樣本量、交叉驗(yàn)證的次數(shù)、復(fù)雜性參量: 即cp: complexity pamemeter, 這個(gè)參數(shù)意味著對(duì)每一步拆分, 模型的擬合優(yōu)度必須提高的程度, 等等。
prune(tree, cp, . . . )
tree 一個(gè)回歸樹對(duì)象, 常是rpart()的結(jié)果對(duì)象。
cp 復(fù)雜性參量, 指定剪枝采用的閾值。
rpart包自帶數(shù)據(jù)集stagec,包含了146位患了stage c前列腺(prostate)癌的病人。變量介紹如下:
pgtime: 出現(xiàn)癥狀或復(fù)發(fā)時(shí)間,單位年;
pgstat:狀態(tài)變量,1為復(fù)發(fā),0為刪減;
age:年齡;
eet:是否內(nèi)分泌治療,1為no,2為yes;
g2:g2階段腫瘤細(xì)胞百分比;
grade:腫瘤等級(jí),farrow體系;
gleason:腫瘤等級(jí),gleason體系;
ploidy:腫瘤的倍體狀態(tài)。
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