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R語言中實現(xiàn)層次聚類模型
2018-06-11
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R語言中實現(xiàn)層次聚類模型

大家好！在這篇文章中，我將向你展示如何在R中進(jìn)行層次聚類。 

什么是分層聚類？

分層聚類是一種可供選擇的方法，它可以自下而上地構(gòu)建層次結(jié)構(gòu)，并且不需要我們事先指定聚類的數(shù)量。

該算法的工作原理如下：

將每個數(shù)據(jù)點放入其自己的群集中。

確定最近的兩個群集并將它們組合成一個群集。

重復(fù)上述步驟，直到所有數(shù)據(jù)點位于一個群集中。

一旦完成，它通常由樹狀結(jié)構(gòu)表示。

讓我們看看分層聚類算法可以做得多好。我們可以使用hclust這個。hclust要求我們以距離矩陣的形式提供數(shù)據(jù)。我們可以通過使用dist。默認(rèn)情況下，使用完整的鏈接方法。

這會生成以下樹形圖：


從圖中我們可以看出，群集總數(shù)的最佳選擇是3或4：


要做到這一點，我們可以使用所需數(shù)量的群集來切斷樹cutree。

現(xiàn)在，讓我們將它與原始物種進(jìn)行比較。


它看起來像算法成功地將物種setosa的所有花分為簇1，并將virginica分為簇2，但是與花斑雜交有困難。如果你看看顯示不同物種的原始圖，你可以理解為什么：


讓我們看看我們是否可以通過使用不同的連接方法更好。這一次，我們將使用平均連接方法：

這給了我們以下樹狀圖：


我們可以看到，群集數(shù)量的兩個最佳選擇是3或5.讓我們用cutree它來將它降到3個群集。

我們可以看到，這一次，該算法在聚類數(shù)據(jù)方面做得更好，只有6個數(shù)據(jù)點出錯。

我們可以如下繪制它與原始數(shù)據(jù)進(jìn)行比較：

這給了我們下面的圖表：


內(nèi)部顏色與外部顏色不匹配的所有點都是不正確聚類的點。

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') } function initGt() { var handler = function (captchaObj) { captchaObj.appendTo('#captcha'); captchaObj.onReady(function () { $("#wait").hide(); }).onSuccess(function(){ $('.getcheckcode').removeClass('dis'); $('.getcheckcode').trigger('click'); }); window.captchaObj = captchaObj; }; $('#captcha').show(); $.ajax({ url: "/login/gtstart?t=" + (new Date()).getTime(), // 加隨機數(shù)防止緩存 type: "get", dataType: "json", success: function (data) { $('#text').hide(); $('#wait').show(); // 調(diào)用 initGeetest 進(jìn)行初始化 // 參數(shù)1：配置參數(shù) // 參數(shù)2：回調(diào)，回調(diào)的第一個參數(shù)驗證碼對象，之后可以使用它調(diào)用相應(yīng)的接口 initGeetest({ // 以下 4 個配置參數(shù)為必須，不能缺少 gt: data.gt, challenge: data.challenge, offline: !data.success, // 表示用戶后臺檢測極驗服務(wù)器是否宕機 new_captcha: data.new_captcha, // 用于宕機時表示是新驗證碼的宕機 product: "float", // 產(chǎn)品形式，包括：float，popup width: "280px", https: true // 更多配置參數(shù)說明請參見：http://docs.geetest.com/install/client/web-front/ }, handler); } }); } function codeCutdown() { if(_wait == 0){ //倒計時完成 $(".getcheckcode").removeClass('dis').html("重新獲取"); }else{ $(".getcheckcode").addClass('dis').html("重新獲取("+_wait+"s)"); _wait--; setTimeout(function () { codeCutdown(); },1000); } } function inputValidate(ele,telInput) { var oInput = ele; var inputVal = oInput.val(); var oType = ele.attr('data-type'); var oEtag = $('#etag').val(); var oErr = oInput.closest('.form_box').next('.err_txt'); var empTxt = '請輸入'+oInput.attr('placeholder')+'！'; var errTxt = '請輸入正確的'+oInput.attr('placeholder')+'！'; var pattern; if(inputVal==""){ if(!telInput){ errFun(oErr,empTxt); } return false; }else { switch (oType){ case 'login_mobile': pattern = /^1[3456789]\d{9}$/; if(inputVal.length==11) { $.ajax({ url: '/login/checkmobile', type: "post", dataType: "json", data: { mobile: inputVal, etag: oEtag, page_ur: window.location.href, page_referer: document.referrer }, success: function (data) { } }); } break; case 'login_yzm': pattern = /^\d{6}$/; break; } if(oType=='login_mobile'){ } if(!!validateFun(pattern,inputVal)){ errFun(oErr,'') if(telInput){ $('.getcheckcode').removeClass('dis'); } }else { if(!telInput) { errFun(oErr, errTxt); }else { $('.getcheckcode').addClass('dis'); } return false; } } return true; } function errFun(obj,msg) { obj.html(msg); if(msg==''){ $('.login_submit').removeClass('dis'); }else { $('.login_submit').addClass('dis'); } } function validateFun(pat,val) { return pat.test(val); }