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用R語言做Venn（韋恩）圖
2017-04-21
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用R語言做Venn（韋恩）圖

首先介紹一下韋恩圖（英語：Venn diagram） ，也叫做文氏圖、溫氏圖、范氏圖，這都一個(gè)意思。它是數(shù)學(xué)學(xué)科中分支集合論（或者類的理論）的一支，在不太嚴(yán)格的意義下用來表示集合（或類）的一種草圖。Veen圖是用于展示在不同的事物群組（集合）之間的數(shù)學(xué)或邏輯聯(lián)系，尤其適合用來表示集合（或）類之間的“大致關(guān)系”，這“大致關(guān)系”就意味著它是不精確的。它也常常被用來幫助推導(dǎo)（或理解推導(dǎo)過程）關(guān)于集合運(yùn)算（或類運(yùn)算）的一些規(guī)律。

學(xué)過基礎(chǔ)數(shù)學(xué)的都知道，咱們在學(xué)習(xí)集合論的時(shí)候，絕對畫過韋恩圖。用韋恩圖來表征分組彼此之間的關(guān)系，觀察公共區(qū)域以及每個(gè)分組的單獨(dú)部分的情況。在生態(tài)學(xué)以及微生態(tài)研究中會(huì)用Venn圖來展示幾個(gè)分組之間關(guān)系的結(jié)果。

那么用R語言應(yīng)該怎樣做呢？

需要加載的軟件包：colorfulVennPlot

數(shù)據(jù)準(zhǔn)備形式如下：

我們現(xiàn)在想知道A、B、C這3個(gè)樣地之間關(guān)于共同有的OTU以及獨(dú)自具有的OTU數(shù)量的關(guān)系，每個(gè)樣地有3個(gè)重復(fù)樣。且看用R怎樣做出你想要的結(jié)果：

setwd("C:/Rwork")#設(shè)置工作目錄，我的工作目錄設(shè)置為C盤Rwork文件夾

library(colorfulVennPlot )#加載colorfulVennPlot軟件包，當(dāng)然前提是你先下載好colorfulVennPlot軟件包，如果沒有的話，執(zhí)行以下命令來下載：

install.packages("colorfulVennPlot ")#這一步是為了下載好colorfulVennPlot軟件包

a<-read.csv("practice2", header=T)#讀取要分析的數(shù)據(jù)，將其命名為a

rownames(a)<-a[,1]#將上一步的a數(shù)據(jù)矩陣的第一列提取出來，因?yàn)槭悄阋治龅牟糠?，命名為rownames(a)，也可以是其他的名字

a<-a[,-1]#a數(shù)據(jù)的第一列作為表格的行名

head(a)#這一步不是必須的，這一步的意思是查看你新命名的a數(shù)據(jù)的前6行

grouped <- data.frame(A=rowSums(otu[,c(4,5,7)]),B=rowSums(otu[,c(1,2,6)]),C=rowSums(otu[,c(3,8,9)]))#我要詳細(xì)解釋這一命令的含義：根據(jù)我們之前給的practice2這個(gè)表格數(shù)據(jù)，以及我們將第一列數(shù)據(jù)作為行名。我們可以看到第4，5，7列是A樣地組；1，2，6列是B樣地組；3，8，9列是C樣地組；我們將重復(fù)樣進(jìn)行求和，最終表格合并為3列A,B,C；且將其命名為grouped名字。

grouped#你可以查看合并之后的表格grouped

vennData<-createVennData(grouped,type="count",Cols=c("A","B","C"),Splits=c(0.1,0.1,0.1))#根據(jù)上述的一系列條件進(jìn)行venn計(jì)算，設(shè)置顏色，類型，標(biāo)簽等等。

vennData#查看venn計(jì)算之后的結(jié)果

plotVenn(vennData$x,vennData$labels)#venn出圖結(jié)果

結(jié)果如下：


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') } function initGt() { var handler = function (captchaObj) { captchaObj.appendTo('#captcha'); captchaObj.onReady(function () { $("#wait").hide(); }).onSuccess(function(){ $('.getcheckcode').removeClass('dis'); $('.getcheckcode').trigger('click'); }); window.captchaObj = captchaObj; }; $('#captcha').show(); $.ajax({ url: "/login/gtstart?t=" + (new Date()).getTime(), // 加隨機(jī)數(shù)防止緩存 type: "get", dataType: "json", success: function (data) { $('#text').hide(); $('#wait').show(); // 調(diào)用 initGeetest 進(jìn)行初始化 // 參數(shù)1：配置參數(shù) // 參數(shù)2：回調(diào)，回調(diào)的第一個(gè)參數(shù)驗(yàn)證碼對象，之后可以使用它調(diào)用相應(yīng)的接口 initGeetest({ // 以下 4 個(gè)配置參數(shù)為必須，不能缺少 gt: data.gt, challenge: data.challenge, offline: !data.success, // 表示用戶后臺(tái)檢測極驗(yàn)服務(wù)器是否宕機(jī) new_captcha: data.new_captcha, // 用于宕機(jī)時(shí)表示是新驗(yàn)證碼的宕機(jī) product: "float", // 產(chǎn)品形式，包括：float，popup width: "280px", https: true // 更多配置參數(shù)說明請參見：http://docs.geetest.com/install/client/web-front/ }, handler); } }); } function codeCutdown() { if(_wait == 0){ //倒計(jì)時(shí)完成 $(".getcheckcode").removeClass('dis').html("重新獲取"); }else{ $(".getcheckcode").addClass('dis').html("重新獲取("+_wait+"s)"); _wait--; setTimeout(function () { codeCutdown(); },1000); } } function inputValidate(ele,telInput) { var oInput = ele; var inputVal = oInput.val(); var oType = ele.attr('data-type'); var oEtag = $('#etag').val(); var oErr = oInput.closest('.form_box').next('.err_txt'); var empTxt = '請輸入'+oInput.attr('placeholder')+'！'; var errTxt = '請輸入正確的'+oInput.attr('placeholder')+'！'; var pattern; if(inputVal==""){ if(!telInput){ errFun(oErr,empTxt); } return false; }else { switch (oType){ case 'login_mobile': pattern = /^1[3456789]\d{9}$/; if(inputVal.length==11) { $.ajax({ url: '/login/checkmobile', type: "post", dataType: "json", data: { mobile: inputVal, etag: oEtag, page_ur: window.location.href, page_referer: document.referrer }, success: function (data) { } }); } break; case 'login_yzm': pattern = /^\d{6}$/; break; } if(oType=='login_mobile'){ } if(!!validateFun(pattern,inputVal)){ errFun(oErr,'') if(telInput){ $('.getcheckcode').removeClass('dis'); } }else { if(!telInput) { errFun(oErr, errTxt); }else { $('.getcheckcode').addClass('dis'); } return false; } } return true; } function errFun(obj,msg) { obj.html(msg); if(msg==''){ $('.login_submit').removeClass('dis'); }else { $('.login_submit').addClass('dis'); } } function validateFun(pat,val) { return pat.test(val); }